FERN - A Java Framework for Stochastic Simulation and Evaluation of Reaction Networks

FERN 是一種模擬複雜化學反應網路的程式，可以單獨運作，也可以和 Cytoscape, CellDesigner等程式搭配使用。

網站：
http://www.bio.ifi.lmu.de/FERN
網站目前提供的最新版本是1.4版，但1.4版的程式似乎不完整，少了examples，和執行用的start.sh 等檔案。
初次安裝可以使用1.3版。1.3版可以在
BMC Bioinformatics 2008, 9:356
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/356
這篇文章裡的 additional file 下載使用。
如果要用1.4版，只要照著這裡說明
http://www.bio.ifi.lmu.de/webfm_send/68
把1.4版的fern.jar，和其它colt.jar，concurrent.jar，jdom.jar放在同一個目錄下。再用1.3版提供的start.sh來啟動程式即可。

Note. 這裡說的start.sh是在Linux系統下使用的。如果是windows系統，請使用1.3版附的start.bat檔來啟動。