CellDesigner 4.1 安裝經驗

分享小弟在 Windows XP 下安裝 CellDesigner 的經驗。

按照網頁的說明
http://www.celldesigner.org/download.html

1. 安裝 SBW

SBW (Systems Biology Workbench) 是一組套件，裡面有許多支援 SBML 語言的程式，其實這組套件本身即包含繪製 network 和 simulation 的功用。

首頁 http://sys-bio.org/

下載位置，我安裝的是2.8.1版。可由 Download --> 左下角 Software Downloads --> 點 SBW，進入 http://sourceforge.net/projects/jdesigner/files/Systems%20Biology%20Workbench/2.8.1/ ，下載 windows安裝版本 SBW-2.8.1-win32-installer.exe。執行安裝即可。

(註：我也試著安裝 Ubuntu lucid 版到我的 Ubuntu linux 上，不過不知為何，執行效果不佳，可能是因為版本不相容，所以我還是決定用 Windows 版。)

2. 安裝 CellDesigner
下載 CellDesigner-41-windows-installer.exe，安裝即可。

3. 安裝 COPASI 支援
COPASI 本身就是一個界面友善且功能強大的 kinetic simulation 軟體，可以獨立使用。在這裡CellDesigner 要借用 COPASI 的運算功能，這樣在 CellDesigner 界面中，也可以使用 COPASI 的 simulation。這裡要下載的是 Language Binding for Java，而不是 COPASI 主安裝程式。
從 COPASI 首頁，選 Download，進入 http://www.copasi.org/tiki-index.php?page=downloadnoncommercial 後。
選 Language Bindings 進入 http://www.copasi.org/tiki-index.php?page_ref_id=108 。注意，這裡要使用視窗下面較舊的版本 COPASI 4.5 (Build 30)(如果選 COPASI 4.6 (Build 32)，會無法和 CellDesigner 4.1 搭配，導致程式無法開啟)。在此，下載 Java 的 Windows (32 bit) 版本。解壓縮後，把 CopasiJava.dll 這個檔 copy 到 CellDesigner 的主目錄即可。

這樣，安裝就告一段落。此時，可以參考 CellDesigner 網頁上提供的 Startup Guide 來玩玩 CellDesigner。

在 http://www.celldesigner.org/documents.html#docModels 有一些相關的 paper 和套件。我個人對 "SBMLsqueezer: a CellDesigner plug-in to generate kinetic rate equations for biochemical networks" 這個 plug-in 蠻有興趣，它可以把 kinetic network 的數學方程式輸出。等我玩過再分享經驗。

先選用 CellDesigner 來玩，主要是因為此軟體與 SBW 套件相容性較佳，而且支援 SBML 語法。其圖形界面也蠻漂亮的。

[Journal] Tools for kinetic modeling of biochemical networks

在這篇 review paper 裡，作者介紹了數種用來模擬 kinetic model 的軟體。

Tools for kinetic modeling of biochemical networks

Nature Biotechnology 24, 667 - 672 (2006)

全文 http://web.udl.es/Biomath/Group/Treballs/2006NatBiotech.pdf

留言版

哈囉~
歡迎在這裡用comment留言，留下您的指正，問題，或是建議。

SBW 的軟體

Systems Biology Workbench (SBW) 收集了一整套關於系統生物學的軟體免費軟體，可以互相支援。
官方網站：http://www.sys-bio.org
介紹的文章，請見
COMPUTATIONAL TOOLS FOR MODELING PROTEIN NETWORKS
http://www.sys-bio.org/pdfs/SBWCurProteomics.pdf

[Journal Reading] Network motifs: theory and experimental approaches

Network motifs: theory and experimental approaches
Nature Reviews Genetics 8, 450-461 (June 2007)
http://www.nature.com/nrg/journal/v8/n6/full/nrg2102.html

討論transcription如何調控基因的表現。

全文下載：
http://cadbio.org/wiki/images/4/4c/Alon-Uri_Network_Motifs_Theory_and_Experimental_Approaches.pdf

[Journal Reading] Network Motifs: Simple Building Blocks of Complex Networks

Network Motifs: Simple Building Blocks of Complex Networks
Science 25 October 2002: Vol. 298 no. 5594 pp. 824-827
http://www.sciencemag.org/content/298/5594/824

這篇2002年發表的文章，到現在被引用了超過1800次，且看作者如何闡述各種網路系統的異同。全文pdf可在這裡下載：
http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.136.2860&rep=rep1&type=pdf

An Introduction to Systems Biology - Design Principles of Biological Circuits

這本An Introduction to Systems Biology - Design Principles of Biological Circuits，作者是Uri Alon。
網頁介紹：
http://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/bookUri.html

雜誌上的書評：
http://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/Papers/bookReviewNature.pdf http://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/Papers/bookReviewPhysicsToday.pdf

在這書評裡，有提到其它的系統生物學的書，也可參考。

FERN - A Java Framework for Stochastic Simulation and Evaluation of Reaction Networks

FERN 是一種模擬複雜化學反應網路的程式，可以單獨運作，也可以和 Cytoscape, CellDesigner等程式搭配使用。

網站：
http://www.bio.ifi.lmu.de/FERN
網站目前提供的最新版本是1.4版，但1.4版的程式似乎不完整，少了examples，和執行用的start.sh 等檔案。
初次安裝可以使用1.3版。1.3版可以在
BMC Bioinformatics 2008, 9:356
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/356
這篇文章裡的 additional file 下載使用。
如果要用1.4版，只要照著這裡說明
http://www.bio.ifi.lmu.de/webfm_send/68
把1.4版的fern.jar，和其它colt.jar，concurrent.jar，jdom.jar放在同一個目錄下。再用1.3版提供的start.sh來啟動程式即可。

Note. 這裡說的start.sh是在Linux系統下使用的。如果是windows系統，請使用1.3版附的start.bat檔來啟動。