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Dizzy 是一個模擬 chemical reaction network 的軟體，其說明檔可在視窗介面的"help"裡看到。
模擬生化網路的動力學，可以用一個寫 script 的軟體，搭配一個圖形化軟體。例如e.g. 1. FERN + cytoscapee.g. 2. Dizzy + JDesigner
SBMLsqueezer: A CellDesigner plug-in to generate kinetic rate equations for biochemical networkshttp://www.biomedcentral.com/1752-0509/2/39/abstract.
CellDesigner 可和 SBW 搭配，又可支援 SBML，也是不錯的選擇。它的圖形界面很漂亮。
剛在Windows下安裝CellDesigner 4.1，如果要搭配 copasi 使用，可以到 copasi 網站，下載 java binding copasi_java_win32_build30-20090526.zip，解開後，把 CopasiJava.dll 複製到 CellDesigner 的安裝根目錄即可。注意，copasi 要下載 build30 的。若是用 build32，則無法順利開啟 CellDesigner 4.1。
在 windows XP 上安裝 Dizzy 1.11.4，但用 tools --> view --> cytoscape 時會出現錯誤訊息。我寫 email 去問，Dizzy 的作者很好心的寄給我一個新的 ISBJava.jar，把它取代 Dizzy 目錄下 lib 裡的同名檔案。就可以從 Dizzy 呼叫 cytoscape 來看 network 了。
用JSim模擬心臟左心室的 pressure curve 和 volume curve。http://www.siam.org/news/news.php?id=1593
昨天第一次在台北聚會，有意參加的朋友，請進入首頁的 google 群組看看。
更新 SBW 的方法，在 Windows 開始 --> Systems Biology Workbench --> Utilities 裡有 Update SBW，按此即可由網路更新新的版本。
SBW 更新的另一個方法，就是把舊版 uninstall，然後安裝新版，這樣子似乎比較穩。
CellDesigner 4.2 版已可下載使用，請見http://www.celldesigner.org/download.html可下載安裝程式，和說明文件。
Dizzy 是一個模擬 chemical reaction network 的軟體，其說明檔可在視窗介面的"help"裡看到。
ReplyDelete模擬生化網路的動力學，可以用一個寫 script 的軟體，搭配一個圖形化軟體。
ReplyDelete例如
e.g. 1. FERN + cytoscape
e.g. 2. Dizzy + JDesigner
SBMLsqueezer: A CellDesigner plug-in to generate kinetic rate equations for biochemical networks
ReplyDeletehttp://www.biomedcentral.com/1752-0509/2/39/abstract.
CellDesigner 可和 SBW 搭配，又可支援 SBML，也是不錯的選擇。它的圖形界面很漂亮。
ReplyDelete剛在Windows下安裝CellDesigner 4.1，如果要搭配 copasi 使用，可以到 copasi 網站，下載 java binding
ReplyDeletecopasi_java_win32_build30-20090526.zip，解開後，把 CopasiJava.dll 複製到 CellDesigner 的安裝根目錄即可。
注意，copasi 要下載 build30 的。若是用 build32，則無法順利開啟 CellDesigner 4.1。
在 windows XP 上安裝 Dizzy 1.11.4，但用 tools --> view --> cytoscape 時會出現錯誤訊息。我寫 email 去問，Dizzy 的作者很好心的寄給我一個新的 ISBJava.jar，把它取代 Dizzy 目錄下 lib 裡的同名檔案。就可以從 Dizzy 呼叫 cytoscape 來看 network 了。
ReplyDelete用JSim模擬心臟左心室的 pressure curve 和 volume curve。
ReplyDeletehttp://www.siam.org/news/news.php?id=1593
昨天第一次在台北聚會，有意參加的朋友，請進入首頁的 google 群組看看。
ReplyDelete更新 SBW 的方法，
ReplyDelete在 Windows 開始 --> Systems Biology Workbench --> Utilities 裡有 Update SBW，按此即可由網路更新新的版本。
SBW 更新的另一個方法，就是把舊版 uninstall，然後安裝新版，這樣子似乎比較穩。
ReplyDeleteCellDesigner 4.2 版已可下載使用，請見
ReplyDeletehttp://www.celldesigner.org/download.html
可下載安裝程式，和說明文件。