Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology

Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology

酵素 E.C. number 的資料庫

http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/index.html

搜尋介面
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/search.html

例如打入 2.7.1.1，就會得到
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/EC2/7/1/1.html

並可以連結到其它資料庫。

MathMol 分子模擬入門教學網頁

MathMol 是一個分子模擬的入門網站，有給高中生或入門都的教材。
http://www.nyu.edu/pages/mathmol/software.html

它推薦的常用軟體
http://www.nyu.edu/pages/mathmol/software.html

用 "Crystal Structure Databases" 學習化學分子的性質

在 Journal of Chemical Education 期刊中，有幾篇談如何用 Crystal Structure Databases 來學化學的文章。

Teaching Three-Dimensional Structural Chemistry Using Crystal Structure Databases. 1. An Interactive Web-Accessible Teaching Subset of the Cambridge Structural Database

Teaching Three-Dimensional Structural Chemistry Using Crystal Structure Databases. 2. Teaching Units That Utilize an Interactive Web-Accessible Subset of the Cambridge Structural Database

Teaching Three-Dimensional Structural Chemistry Using Crystal Structure Databases. 3. The Cambridge Structural Database System: Information Content and Access Software in Educational Applications

Teaching Three-Dimensional Structural Chemistry Using Crystal Structure Databases. 4. Examples of Discovery-Based Learning Using the Complete Cambridge Structural Database

[book] Kinetic modelling in systems biology

這是一本談系統生物學中動力學模擬的入門書，作者是俄國人。
Kinetic Modelling in Systems Biology
Oleg Demin, Igor Goryanin
http://www.amazon.com/Kinetic-Modelling-Systems-Mathematical-Computational/dp/1584886676

書中用的軟體是作者研發的 DBSolve。有興趣的朋友，可以玩玩看。

BRENDA 酵素資料庫

BRENDA 是一個收集酵素各種性質的資料庫
http://www.brenda-enzymes.org/

收集了包含結構，生化反應的一些性質，和反應的模型。

可參考
BRENDA, the enzyme information system in 2011.
Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database issue):D670-6.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21062828

Genomic Medicine — An Updated Primer

New England Journal of Medicine 上的一篇 review 文章，
簡介 Genomic Medicine 的現況。

其中包含一個 Interactive Graphics，用漫畫呈現傳統定序法和新的定序法。

值得一看。

http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMra0907175

CellDesigner 4.1 安裝經驗

分享小弟在 Windows XP 下安裝 CellDesigner 的經驗。

按照網頁的說明
http://www.celldesigner.org/download.html

1. 安裝 SBW

SBW (Systems Biology Workbench) 是一組套件，裡面有許多支援 SBML 語言的程式，其實這組套件本身即包含繪製 network 和 simulation 的功用。

首頁 http://sys-bio.org/

下載位置，我安裝的是2.8.1版。可由 Download --> 左下角 Software Downloads --> 點 SBW，進入 http://sourceforge.net/projects/jdesigner/files/Systems%20Biology%20Workbench/2.8.1/ ，下載 windows安裝版本 SBW-2.8.1-win32-installer.exe。執行安裝即可。

(註：我也試著安裝 Ubuntu lucid 版到我的 Ubuntu linux 上，不過不知為何，執行效果不佳，可能是因為版本不相容，所以我還是決定用 Windows 版。)

2. 安裝 CellDesigner
下載 CellDesigner-41-windows-installer.exe，安裝即可。

3. 安裝 COPASI 支援
COPASI 本身就是一個界面友善且功能強大的 kinetic simulation 軟體，可以獨立使用。在這裡CellDesigner 要借用 COPASI 的運算功能，這樣在 CellDesigner 界面中，也可以使用 COPASI 的 simulation。這裡要下載的是 Language Binding for Java，而不是 COPASI 主安裝程式。
從 COPASI 首頁，選 Download，進入 http://www.copasi.org/tiki-index.php?page=downloadnoncommercial 後。
選 Language Bindings 進入 http://www.copasi.org/tiki-index.php?page_ref_id=108 。注意，這裡要使用視窗下面較舊的版本 COPASI 4.5 (Build 30)(如果選 COPASI 4.6 (Build 32)，會無法和 CellDesigner 4.1 搭配，導致程式無法開啟)。在此，下載 Java 的 Windows (32 bit) 版本。解壓縮後，把 CopasiJava.dll 這個檔 copy 到 CellDesigner 的主目錄即可。

這樣，安裝就告一段落。此時，可以參考 CellDesigner 網頁上提供的 Startup Guide 來玩玩 CellDesigner。

在 http://www.celldesigner.org/documents.html#docModels 有一些相關的 paper 和套件。我個人對 "SBMLsqueezer: a CellDesigner plug-in to generate kinetic rate equations for biochemical networks" 這個 plug-in 蠻有興趣，它可以把 kinetic network 的數學方程式輸出。等我玩過再分享經驗。

先選用 CellDesigner 來玩，主要是因為此軟體與 SBW 套件相容性較佳，而且支援 SBML 語法。其圖形界面也蠻漂亮的。